使用方法
稀釋含內(nèi)參的H16標(biāo)準(zhǔn)曲線樣品,是否做H16標(biāo)曲由客戶決定
1. 標(biāo)記6個(gè)離心管,分別為A6,A5,A4,A3,A2,A1,A0。
2. 在A0號(hào)管中加入280μL熒光PCR專用模板稀釋液,35μL本試劑盒提供的人基因組DNA內(nèi)參(35000拷貝),震蕩一分鐘混勻。內(nèi)參濃度為1111拷貝/μL。
3. 用帶芯槍頭分別將上步得到的混合液按45μL/管加入到標(biāo)記的A1-A6號(hào)管中,用帶芯槍頭(下同)。
4. 在A6號(hào)管中加入5 μL 1×10E7拷貝/μL 的H16陽性對(duì)照(試劑盒提供),充分震蕩1分鐘,得1×10E6拷貝/μL的H16標(biāo)準(zhǔn)曲線樣品,內(nèi)參濃度為1000拷貝/μL。放冰上待用。
5. 換槍頭,在A5號(hào)管中加入5 μL 1×10E6拷貝/μL 的陽性對(duì)照(上步稀釋所得),充分震蕩1分鐘,得1×10E5拷貝/μL的H16標(biāo)準(zhǔn)曲線樣品,內(nèi)參濃度為1000拷貝/μL。放冰上待用。
6. 換槍頭,在A4號(hào)管中加入5 μL 1×10E5拷貝/μL的陽性對(duì)照(上步稀釋所得),充分震蕩1分鐘,得1×10E4拷貝/μL的H16標(biāo)準(zhǔn)曲線樣品,內(nèi)參濃度為1000拷貝/μL。放冰上待用。
稀釋含內(nèi)參的N5標(biāo)準(zhǔn)曲線樣品,是否做N5標(biāo)曲由客戶決定
7. 操作同上,只是使用N5的PC作為模板。得到6個(gè)濃度的樣本放冰上待用,內(nèi)參濃度均為1000拷貝/μL,分別是B1-B6。
樣品RNA的制備
8. 用自選方法純化N個(gè)樣品的RNA。由于本試劑盒的這個(gè)版本只提供DNA作為內(nèi)參,因此不能監(jiān)控純化過程。
Probe qRT-PCR反應(yīng)本試劑提供的內(nèi)參為DNA,只能監(jiān)控PCR過程
9. 如果做定量分析并且只做1次重復(fù),則標(biāo)記N+1+6+6個(gè)RT-PCR管,其中N個(gè)管用于上步得到的N個(gè)樣品,1個(gè)用于RT-PCR陰性對(duì)照(用水做模板),6個(gè)用于H16的標(biāo)準(zhǔn)曲線,另外6個(gè)用于N5的標(biāo)準(zhǔn)曲線。如果做定性分析并且只做1次重復(fù),則標(biāo)記N+3個(gè)RT-PCR管,其中N個(gè)管用于上步得到的N個(gè)樣品,1個(gè)用于RT-PCR陰性對(duì)照(用水做模板),1個(gè)用于H16 RT-PCR陽性對(duì)照,1個(gè)用于N5 RT-PCR陽性對(duì)照(直接用第一步和第二步所得的兩個(gè)4號(hào)稀釋液作為模板)。下面只以定量分析為例描述操作步驟。
數(shù)據(jù)處理
1. 如果擴(kuò)增陽性對(duì)照結(jié)果為陰性,則整個(gè)擴(kuò)增或制備實(shí)驗(yàn)無效,不需要分析數(shù)據(jù),需要重做擴(kuò)增或制備或跟廠家聯(lián)系。如果擴(kuò)增陰性對(duì)照為陽性,說明環(huán)境污染,則整個(gè)擴(kuò)增或制備實(shí)驗(yàn)無效,不需要分析數(shù)據(jù),需要跟廠家聯(lián)系,購(gòu)買新的引物和探針。
2. 如果陰性對(duì)照和陽性對(duì)照正常,則實(shí)驗(yàn)有效,可以進(jìn)入后續(xù)分析。
3. 對(duì)定量檢測(cè),以標(biāo)曲樣本濃度的log值為橫軸,分別以H16陽性對(duì)照(FAM通道)和N5陽性對(duì)照(HEX通道)的Ct值為縱軸,繪制兩條標(biāo)準(zhǔn)曲線,R2必須大于0.95。再以待測(cè)樣品的Ct值從分別從兩條標(biāo)準(zhǔn)曲線上推算出對(duì)應(yīng)樣品RNA濃度的log值,再推算出其濃度。
4. 對(duì)定性檢測(cè),只判斷陽性或陰性,則陰性對(duì)照FAM通道的Ct必須大于或等于40。陽性對(duì)照FAM通道的熒光信號(hào)必須有對(duì)數(shù)增長(zhǎng),有典型擴(kuò)增曲線,Ct值應(yīng)該小于或等于35。對(duì)待測(cè)樣品,如果其FAM通道的Ct大于或等于40則為H16陰性,如果小于或等于35則為H16陽性。如果其HEX通道的Ct大于或等于40則為N5陰性,如果小于或等于35則為N5陽性。如果在35-40之間,則重復(fù)一次。重復(fù)實(shí)驗(yàn)的Ct值如果大于或等于40則為陰性,如果小于40,則為陽性。
5. 對(duì)H16或N5陰性樣本,如果內(nèi)參為陽性(Texas Red熒光通道有信號(hào),信號(hào)有對(duì)數(shù)增長(zhǎng),有典型擴(kuò)增曲線,Ct值應(yīng)該小于或等于35),則判斷為真陰性。如果內(nèi)參為陰性(TET熒光通道沒有信號(hào),信號(hào)沒有對(duì)數(shù)增長(zhǎng),沒有典型擴(kuò)增曲線,Ct值大于35),則不能判斷,本樣本需要重復(fù)。對(duì)H16或N5陽性樣本,不需要分析內(nèi)參的結(jié)果。
自備試劑
樣品RNA
運(yùn)輸及保存
低溫運(yùn)輸,-20℃保存,有效期2年